plugins/base2/uk.ac.ebi.tab2mage/trunk/Tab2MageImporter/simplied process.txt

Code
Comments
Other
Rev Date Author Line
429 17 Sep 07 dominic 1 Simplified Process for Running Tab2Mage Importer on a new BASE Installation
429 17 Sep 07 dominic 2 ============================================================
429 17 Sep 07 dominic 3
429 17 Sep 07 dominic 4 AFFYMETRIX
429 17 Sep 07 dominic 5 --------------------
429 17 Sep 07 dominic 6 - Install a new base instance
429 17 Sep 07 dominic 7
429 17 Sep 07 dominic 8 - log in as root and create an administrator account, 
429 17 Sep 07 dominic 9
429 17 Sep 07 dominic 10 - log into base as the administrator, using the newly created account
429 17 Sep 07 dominic 11
429 17 Sep 07 dominic 12 - go to Administrate -> Plugins -> Definitions
457 31 Oct 07 dominic 13   Click New to create the Affymetrix Array Design Batch Importer Plugin. Follow  further instructions on the plugin website if required.
429 17 Sep 07 dominic 14
429 17 Sep 07 dominic 15 - go to View - > File 
429 17 Sep 07 dominic 16   upload zip files containing  all  the array design for affymetrix experiments 
429 17 Sep 07 dominic 17
429 17 Sep 07 dominic 18 - go to LIMS -> Array Designs ->
429 17 Sep 07 dominic 19   click on the import tab
429 17 Sep 07 dominic 20   on the dialog, select affymetrix array design batch importer and follow the process through to finish
429 17 Sep 07 dominic 21   all the array deisgn are created.
429 17 Sep 07 dominic 22
429 17 Sep 07 dominic 23 - go to Administrate -> Plugins -> Definitions
429 17 Sep 07 dominic 24   Click New to create, share and configure the Annotation Types and Cv Loader Plugin.
429 17 Sep 07 dominic 25   use the sample comfiguration file on the plugin site(annotationtypecvimporter.xml)  to configure the plugin.
429 17 Sep 07 dominic 26   Upload the file into base
429 17 Sep 07 dominic 27   go to Adminstrate -> Plugin Configuration
429 17 Sep 07 dominic 28   Click the Import tab, select "Plugin Configuration Importer"
429 17 Sep 07 dominic 29   click browse to select the uploaded xml file (annotationtypecvimporter.xml), click next and finish
429 17 Sep 07 dominic 30
457 31 Oct 07 dominic 31   Follow further instructions on the plugin website if required
429 17 Sep 07 dominic 32
429 17 Sep 07 dominic 33 - go to Administrate -> Plugins -> Definitions
429 17 Sep 07 dominic 34   Click New to create and share the Tab2Mage Importer Plugin. Follow  further instructions on : plugin website if required.
429 17 Sep 07 dominic 35
429 17 Sep 07 dominic 36 - go to View - > File and upload zip files containing  all  the raw data files and the tab2mage file for the affymetrix experiment 
429 17 Sep 07 dominic 37
429 17 Sep 07 dominic 38 - go to View ->Experiment
429 17 Sep 07 dominic 39   create a new Affymetrix experiment
429 17 Sep 07 dominic 40   on experiment view page click on the import tab and select Tab2Mage Importer
429 17 Sep 07 dominic 41   Run the Tab2Mage Importer, following the instructions on plugin website
429 17 Sep 07 dominic 42
429 17 Sep 07 dominic 43
457 31 Oct 07 dominic 44 PRESTO! following the above process, the experiment should upload without problems.
429 17 Sep 07 dominic 45  
429 17 Sep 07 dominic 46   
429 17 Sep 07 dominic 47 ------------------------------------------------------------------------------------------------------------
429 17 Sep 07 dominic 48

Generated on Tue Nov 21 03:45:10 2023 (UTC) by svndigest 0.11.2pre (dev build 1672)